Les eaux du parc national de Port-Cros sont scindées en différents secteurs dans lesquels les activités de pêche professionnelle et de loisir sont strictement réglementées. La pêche professionnelle est soumise à autorisation. Il s’agit de pêche artisanale côtière. Les pêcheurs opèrent à partir de petites embarcations (<12m) et sont généralement seuls ou à deux à bord, le type d’engins, le nombre d’engins autorisés et la taille de la maille, pour les filets de pêche, sont réglementés. La pêche artisanale occupe une place importante dans l’économie et le patrimoine local de la côte varoise. Cette pêche est saisonnière, très diversifiée et dépendante de la ressource halieutique. Le partenariat entre le parc national de Port-Cros et les prud’homies locales (Hyères-Salins, Giens et Lavandou) a débuté en 1999 sous la forme d’une charte de partenariat de la pêche professionnelle, qui fait l’objet de discussions et de mises à jour annuelles. Un suivi des captures a ensuite été mis en place de manière à suivre les principales espèces exploitées par la pêche professionnelle dans les eaux de Port-Cros.
Dans la continuité de la charte de partenariat, un agenda de pêche a été mis en place à partir de 2000. Dans cet agenda les pêcheurs référencent la localisation et le type d’engin de pêche utilisé ainsi que leurs captures. A partir de 2003 des embarquements scientifiques à bord des bateaux des patrons pêcheurs signataires de la charte ont débuté et se sont répétés de façon ponctuelle. Lors de ces embarquements, le nombre d’individus, la taille et la biomasse des captures sont référencés par espèce. A partir de 2006, les agents du parc national ont commencé à évaluer l’effort de pêche en relevant l’emplacement des différents engins de pêches observés à différentes saisons durant leurs patrouilles de surveillance.
Le recoupement de l’ensemble de ces informations permet de caractériser et de connaître la répartition de l’activité de pêche professionnelle dans les eaux de Port-Cros. Ce travail permet également d’avoir des données sur les métiers exercés et l’évolution des captures des espèces cibles de la pêche et des prises accessoires effectuées par les pêcheurs.