Le golfe de Fos est situé entre l’embouchure du Rhône à l’Ouest et la Côte Bleue et la zone urbaine de Marseille, à l’Est. Ce site est l’une des plus vastes zones industrialo-portuaires de France. Depuis les années 1960, cette zone est dédiée aux activités sidérurgiques (Sollac et Ascométal), au raffinage et au stockage de pétrole (Esso, Dépôts Pétroliers de Fos), à la chimie (Lyondell, Société du Polyéthylène de Fos, Naftachimie, etc.), à la construction offshore (Eiffel), à la fabrication de ciment et de granulats (Lafarge), etc. Elle est également soumise à une forte activité portuaire liée notamment à ces industries. Le port de Fos est le 1er port de Méditerranée. Les bassins Ouest du Port Autonome de Marseille déploient une grande activité dans le domaine du transport de conteneurs. Cette concentration industrielle et d’activité portuaire pose des problèmes environnementaux qui demandent des suivis réguliers de la qualité sanitaire du site.
Le milieu marin du golfe de Fos est le récepteur de nombreuses activités. Depuis les années 1970, plusieurs études scientifiques ont permis de suivre son évolution et les impacts de ces activités. L’anse de Carteau situé dans le Golfe de Fos est une Zone Naturelle d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique. Elle abrite le plus grand herbier mixte à zostère et cymodocée de méditerranée française en mer ouverte ou semi-ouverte. Avec une superficie de plus de 500 ha, cet herbier représente un abri, une source de nourriture et une zone de reproduction pour de nombreuses espèces. Une population remarquable de grande nacre Pinna nobilis avait été mis en évidence par Ruitton et al. en 2007. Cette espèce est le plus grand bivalve de Méditerranée, sa taille peut atteindre 120 cm. Elle est endémique de Méditerranée et vit dans les zones sableuses et dans les herbiers à Posidonia oceanica ou à Cymodocea nodosa, à des profondeurs allant de 0.5 m à 60 m.
Cette espèce est protégées en France depuis 1992 en conformité avec la directive européenne sur les habitats et par le Protocole relatif aux aires protégées (annexe IV de la Directive Habitat 92/43/CEE concernant la conservation des habitats naturels ainsi que la flore et la faune sauvage) et à la diversité biologique en Méditerranée dans l’annexe II de la Convention de Barcelone (1976-1995). La grande nacre subit depuis 2016 de fortes mortalités liées au développement d’un parasite Haplosporidium pinnae, ayant causé la quasi-disparition de l’espèce dans certains secteurs comme les Baléares ou encore la Corse. Le littoral continental français n’est pas épargné et de nombreux sites sont concernés par la présence de ce parasite protozoaire (Banyuls, Parc national de Port-Cros, Alpes maritimes, etc.).
L’étude de l’état de la population de grande nacre dans cette zone a permis de mettre à jour 269 individus morts, probablement décimés par le parasite Haplosporidium pinnae. La proportion de nacre morte est de 94%. Il est tout de même important de souligner un nombre non négligeable d’individus toujours vivants (16 individus vivants). Cette population de grande nacre vivante nécessite une protection et une surveillance accrue, afin qu’elle puisse participer à la recolonisation de la zone puis des zones alentours qui sont elles aussi propices à la présence de cette espèce. Ce constat est en concordance avec les recommandations de l’UICN dont la liste rouge considère maintenant Pinna nobilis comme en danger critique d’extinction.
