Malgré les mesures de protection intégrale dont bénéficient tous les cétacés en Méditerranée, certaines espèces restent particulièrement menacées. Le rorqual commun (Balaenoptera physalus) et le petit rorqual (Balaenoptera acutorostrata) font tous deux partie de la famille des Mysticètes (baleines à fanons). Chassés pour leur huile et leur chair, ils constituaient des prises de choix pour les baleiniers. En Méditerranée, ils n’ont jamais été chassés mais ils sont victimes de la pollution par les métaux lourds et organo-chlorés, ou encore des collisions avec les bateaux. On ne compterait que 4000 rorquals communs et 700 petits rorquals. Le dauphin commun (Delphinus delphis) était le dauphin le plus commun de Méditerranée. Il est aujourd’hui en nette régression, victime de la pollution et des captures accidentelles dans les filets maillants. Le marsouin commun (Phocoena phocoena), lui, a totalement disparu de Méditerranée. Toutefois, on n’a jamais observé en Méditerranée les massacres de dauphins liés à la pêche au thon qui ont lieu dans d’autres océans. De plus, les cétacés bénéficient d’un capital sympathie et constituent un attrait pour les médias et le tourisme. Le whale watching se développe d’ailleurs de façon ponctuelle sur les côtes méditerranéennes.
Protection en France : par l’arrêté du 20 octobre 1970. En Europe, les cétacés sont protégés par la convention de Berne (annexe II) et la directive communautaire Habitats (annexe IV).
